A história de Alto Alegre está enraizada à história de outros municípios, principalmente ao município de Espumoso, do qual Alto Alegre desmembrou-se. Tudo começou com o Faxinal, área próxima ao Rio Jacuí, que em meados de 1900 abrigava poucos moradores. Por volta de 1919, Faxinal recebeu os primeiros imgrantes. Eram alemães providos de Tapera. A regiao recebeu os primeiros italianos a partir de 1924.

Alto Alegre tem hoje um desenvolvimento adverso do tempo que era denominada Faxinal. Ao longo de sua formação passou por diversas fases distintas. Registra-se um período de pequenas indústrias (tafonas, olarias, alambiques, moinho e uma fábrica de bebidas). O comércio era basicamente de compra e venda de produtos da terra, bem como suínos e aves.

Começou a mudar de fase a partir da introdução no Estado da tecnologia na agricultura. A partir daí foi dada grande valorização à soja e ao trigo, passando então para a fase da monocultura. A agricultura passou a ser a economia principal do município, o que perdura até hoje.

O município de Alto Alegre foi criado em 02 de dezembro de 1987 e sua instalação deu-se em 1º de janeiro de 1989.